神兽作为稀有且强大的宝可梦，分布在不同地点且需要特定条件才能触发捕捉。玩家在冒险经过中，可以通过寻觅特定区域来遭遇这些传奇生物，其中一些神兽的位置相对固定，但捕捉难度较高，提议提前做好准备。急冻鸟位于双子岛最深处，需用冲浪技能抵达后按顺序推石头堵住瀑布水流，进入隐藏山洞即可遭遇；闪电鸟栖息在无人发电厂最深处，需从10号公路冲浪抵达；火焰鸟则固定在1号岛灯火山山顶，需学会怪力术推开拦路岩石。这些神兽的等级均为50级，提议携带克制属性和顶级精灵球应对。

超梦作为剧情核心神兽，需通关后前往华蓝洞窟最底层捕捉，该区域需掌握冲浪和攀瀑技能才能抵达。梦幻则出现在红莲岛拿取秘密钥匙的建筑物内，属于隐藏遭遇型神兽。洛奇亚位于第八座彩虹岛右下角海域，等级高达70级；而三圣柱中的冰神柱需在双子岛滑冰场通过特定滑行路线触发，钢神柱和闪电鸟共享无人发电厂刷新点，岩神柱则在1号岛上方草丛随机出现。迪奥西斯出现在第九座彩虹岛完成拼图后，雪拉比则藏在3号岛左侧森林中，这些神兽的刷新往往需要先完成岛屿任务链。

捕捉神兽时，将目标血量削弱至红色情形并施加睡眠或麻痹异常情形能显著提高成功率。火焰鸟提议用水系或岩石系宝可梦对抗，急冻鸟可用钢系技能克制，闪电鸟则惧怕地面系攻击。携带足够的顶级球、计时球或大师球是必要准备，同时注意保存游戏进度以防捕捉失败。部分神兽和主线进度强关联，如古拉顿需在1号岛火焰山地下寻觅发现，吉拉奇需通关幽灵塔顶楼关卡才能遭遇，玩家在推进游戏进程时需留意相关任务提示。

神兽的捕捉往往需要完成特定剧情或获取决定因素道具，例如通过第五个岛屿的回忆之塔和第六个岛屿的寻觅，从右侧冲浪到遗迹山谷，穿过绿色小径和森林，找到洞穴获取蓝宝石，并化解火箭队的谜题才能解开更多机会。玩家在岛屿任务链中需输入密码、击败火箭队并推进剧情，才能顺利捕捉如超梦和梦幻等神兽。