寻找散落各处的宝箱是探险方法中rewarding的一环。游戏内的宝箱体系主要分为需要对应钥匙开始的宝箱和可以直接打开的资源箱两大类，它们隐藏在各个探险地图的角落，打开后可获取补天石、金画轴碎片、独特人物碎片如文徵明碎片以及珍稀道具如打神鞭等丰厚奖励。这些宝箱是推动剧情、积累资源的重要来源，领会其分布规律是每位知府的必修课。

宝箱广泛分布于游戏放开的各个州府探险地图中。在早期的应天府区域，秦淮河畔、应天城郊和丽娘府宅是玩家开始接触的寻宝地。例如在应天府郊，宝箱也许藏在拱桥上方、地图最下方的树林中或河道尽头的环水处，而丽娘府宅的宝箱则也许隐藏在白色围墙内、河边杨柳树下或府宅入口的花坛旁。找到它们通常需要完成砍伐指定树木、清理杂物等前置操作。和之对应的钥匙则也许藏在店铺后方的角落、造纸池旁的墙角等处，需要细心寻觅才能发现。

游戏进程推进，杭州府、苏州府等区域会解开更多宝箱。杭州府的月老祠、戏台、旺火楼附近常有宝箱踪迹。苏州府的探险章节七狸山塘则设计得更为精巧，宝箱也许位于同福酒肆附近杂货阿意的店后面、迷宫右侧的迷雾区域，或是戏台后方。开始这些宝箱的钥匙位置也更具挑战性，也许藏在桥畔柳树侧、佛塔顶端民居旁，或是需要穿过迷宫在深处寻找。

游戏中的独特活动主题地图和剧情副本也蕴含着特殊宝藏。例如牡丹亭剧情中，宝箱藏在河边的棉花田对面的石头后以及女娲院前的农田里。海上仙山副本中，发光建筑周围存在宝箱群。一些限时活动主题如周年庆探险，其宝箱也许一部分分布在陆地上的竹林迷宫中，另一部分则藏在需要航海抵达的海岛上，位置设计往往和活动主题主题紧密相连。