能遇到并收服的神兽种类还是挺丰盛的，完全是收集爱慕者们的一大趣味。游戏里最广为人知的当然要数传说中的三圣鸟了，它们分别是急冻鸟、闪电鸟和火焰鸟，这三只大鸟各自占据着不同的地盘，等着训练家去挑战。除了它们，还有实力超群的超梦，以及梦幻、洛奇亚、凤王这些传说中的大家伙。如果你玩的是386版本，那能捉到的神兽就更多了，像是三圣兽雷公、炎帝、水君，还有代欧奇希斯等等独特存在，加起来超过十五种，足够你忙活好一阵子了。捕捉这些神兽算是游戏后期最重要的目标其中一个，它们不仅实力强大，能大大增强你的队伍，收集经过本身也是一场充满惊喜的冒险。

找到这些神兽，你得跑遍地图的各个角落，有些地方还挺隐蔽的。急冻鸟藏在双子岛的最深处，你需要用冲浪术到达那里，接着按照一定的顺序推动洞穴里的岩石，堵住急流才能见到它。闪电鸟则蹲守在无人发电厂的最里面，从枯叶市右边的码头出发，穿过水域就能到达那个废弃的发电站。火焰鸟的栖息地是灯火山（也有策略称为火焰山）的山顶。而超梦作为人造的传说宝可梦，待在华蓝洞窟的最底层，通常需要你先完成精灵联盟的挑战才能进去。洛奇亚和凤王分别位于第八座彩虹岛（或称诞生之岛）的右下方和左上方草丛中。至于三圣兽，它们相对独特，需要你打败四大天王之后，才会在关东地区的草丛里随机出现，能不能遇到还得看一点运气。

了解了地方，如何捉到手才是决定因素，直接丢球成功率可不高。通用的诀窍是，在战斗时先把神兽的血量打到红色危险情形，这样捕捉率会高很多。如果能再给神兽挂上睡眠或者麻痹这样的异常情形，捕捉起来就更轻松了。因此出发前，最好培养一只会催眠术、催眠粉或者电磁波这类技能的宝可梦。道具方面也要准备充分，多带点顶级球、超级球，时刻球在战斗回合数超过30回合后效果也很不错。最省事的就是大师球了，但游戏里数量特别有限，得用在刀刃上。针对不同的神兽，也要稍微调整下策略，比如抓闪电鸟时，带只地面系或岩石系的宝可梦能免疫它的电系攻击，会安全很多；对付火焰鸟，天然要派上水系或岩石系的宝可梦去克制它。

游戏里还有一些需要完成特定事件或解谜才能遇到的神兽，增加了寻觅的深度。比如迪奥西斯（或称代欧奇希斯），你需要拿到船票前往诞生之岛，完成壹个拼图谜题它才会现身。雪拉比则隐藏在三号岛左侧的森林里。像岩神柱、冰神柱、钢神柱，以及红蓝水都（拉帝亚斯和拉帝欧斯）这些神兽，它们的出现位置也许更隐蔽，或者带有一定的随机性，需要你结合冲浪、怪力等秘传机器技能耐心寻觅。部分神兽如海皇牙甚至需要用到顶级钓竿去特定水域垂钓才有机会遇到。