获起名为神奇琥珀的化石是得到远古宝可梦化石翼龙的决定因素前提。这份化石并非在主线剧情必经之地获取，需要玩家在寻觅经过中留意特定地点并和研究人员互动。其获取流程具有明确的流程，且后续复活流程固定，了解这些信息可以帮助玩家顺利完成收集。

神奇琥珀的获取地点位于尼比市，具体位置在尼比市博物馆的右侧。玩家到达该区域后，会发现去路被小树阻挡，此时必须让队伍中的宝可梦已经习得并运用了秘传进修器居合斩技能，才能砍断树木开辟道路。进入被树木遮挡的屋内后，和其中的研究人员对话，便可以从他那里直接获取道具神奇的琥珀。

拿到神奇的琥珀后，它仅仅一个道具，需要经过复活程序才能成为可用的宝可梦。复活地点在红莲岛的宝可梦研究所。玩家需要携带神奇的琥珀前往该研究所，和那里的科学家对话，便可将琥珀复活为化石翼龙。需要特别注意的一点是，在进行复活操作时，玩家的同行宝可梦队伍中必须至少留有壹个空位，否则将无法接收复活后的化石翼龙。

除了通过神奇琥珀获取化石翼龙，游戏内还存在其他种类的化石，它们分布在不同的剧情节点。例如在月见山深处，玩家在击败火箭队后，可以从一位研究人员处获取选择化石的机会，不同的化石对应菊石兽或化石盔这两种不同的古代宝可梦。这些化石同样需要前往红莲岛的研究所进行复活。而神奇的琥珀作为获取化石翼龙的唯一途径，其寻觅性更强，是完成宝可梦图鉴的重要一环。